Las infecciones por virus del papiloma humano (VPH) son tan comunes hoy que se suelen asociar a la vida moderna, a los hábitos sexuales actuales o a la medicina del siglo XXI. Pero un nuevo estudio ha demostrado que este virus, concretamente su variante más peligrosa, circula entre los humanos desde hace decenas de miles de años, mucho antes de que existieran las ciudades, la agricultura o incluso las primeras civilizaciones. Lo ha confirmado el análisis genético de dos individuos antiguos: el hombre de Ust’-Ishim, que vivió hace unos 45.000 años en Siberia, y Ötzi, la famosa momia hallada en los Alpes y datada en unos 5.300 años de antigüedad. Ambos portaban fragmentos del VPH16, el tipo más oncogénico conocido.
El hallazgo, publicado como preprint en bioRxiv, desafía una teoría ampliamente aceptada: que el linaje más peligroso del virus habría llegado a nuestra especie a través de la hibridación con neandertales. Según los autores, los resultados muestran que el VPH16 ya estaba presente en Homo sapiens antes de que estos se cruzaran con otras especies humanas. Y no solo eso: también aporta una nueva forma de investigar enfermedades en el pasado, incluso cuando los virus no dejan rastros visibles en los restos.
El virus del papiloma humano no es nuevo para la ciencia. Hoy se conocen más de 200 tipos distintos, y muchos se transmiten por contacto sexual o piel con piel. La mayoría no causa síntomas, pero algunos de ellos, como el VPH16, están implicados en varios tipos de cáncer, entre ellos el de cuello uterino, orofaríngeo o anal. Este virus tiene un genoma pequeño, de unos 8.000 pares de bases, que codifica proteínas encargadas de replicarse dentro de las células humanas y, en algunos casos, desactivar mecanismos de defensa contra tumores.
Lo que no sabíamos —hasta ahora— era cuándo empezó esta relación entre el virus y los humanos modernos. Las hipótesis anteriores se basaban en comparaciones entre genomas actuales del virus y modelos informáticos, que sugerían una historia evolutiva compleja, posiblemente con saltos entre especies humanas. Pero estos modelos no contaban con evidencia directa en restos arqueológicos, algo que el nuevo estudio ha conseguido aportar gracias a técnicas de análisis de ADN antiguo.
El equipo liderado por Marcelo Briones, de la Universidad Federal de São Paulo, analizó secuencias genéticas previamente publicadas de los genomas completos de Ust’-Ishim y Ötzi. Se trata de dos de los fósiles humanos mejor conservados y secuenciados que se conocen. En ambos casos, los investigadores buscaron fragmentos que pudieran coincidir con secuencias conocidas del VPH.
Tras un trabajo minucioso de filtrado, mapeo y autenticación, encontraron fragmentos del genoma del VPH16 en ambos individuos, concretamente del linaje A, el más asociado con riesgo de cáncer. En el caso de Ötzi, se recuperó una cobertura del 93,92% del genoma viral, con más de 170.000 fragmentos coincidentes. En Ust’-Ishim, aunque el número de fragmentos fue menor y la cobertura más baja (21,97%), la señal fue estadísticamente significativa y consistente con un virus endógeno, no con contaminación moderna.
“Nuestro estudio presenta la evidencia molecular más antigua del VPH16 en humanos anatómicamente modernos”, se afirma en el artículo . Esta detección sitúa al virus en nuestra especie al menos 45.000 años atrás, lo que obliga a repensar su historia evolutiva.
Hasta ahora, una hipótesis popular proponía que el linaje VPH16A —el más agresivo y extendido— había pasado a Homo sapiens a través del mestizaje con neandertales o denisovanos, especies humanas arcaicas con las que convivimos y nos cruzamos al salir de África. Pero los datos de este estudio contradicen esa idea. Según los autores, la presencia del virus en Ust’-Ishim indica que ya circulaba en humanos modernos antes de esos encuentros.
Como explican en el paper, “los resultados desafían la idea de que el VPH16A entró en Homo sapiens por hibridación con neandertales” . Esta afirmación no descarta por completo la hipótesis, pero la reduce a una posibilidad secundaria. De hecho, los investigadores destacan que el genoma de Ust’-Ishim ya contiene ADN neandertal, lo cual significa que incluso si hubo contacto, el virus no necesariamente provino de los neandertales, sino que pudo haber estado en nuestra especie desde antes.
Este matiz también ha sido señalado por expertos ajenos al estudio. Koenraad Van Doorslaer, investigador de la Universidad de Arizona, considera que las conclusiones están bien fundamentadas, pero advierte que con solo dos muestras “el argumento contra la transmisión desde los neandertales puede estar algo exagerado” . Aun así, la evidencia molecular cambia las reglas del juego.
Uno de los aspectos más interesantes del estudio es que muestra cómo algunos virus nos han acompañado durante miles de generaciones, adaptándose a nuestras poblaciones y evolucionando con nosotros. En el caso del VPH16, su distribución actual sugiere una historia de coevolución estrecha: el sublinaje A1, detectado en Ötzi, es el más común hoy en Europa, mientras que el A4, presente en Ust’-Ishim, es más frecuente en Asia.
Esto encaja con lo que se sabe de las migraciones humanas: la expansión desde África y la posterior diversificación de linajes virales asociados a poblaciones humanas específicas. Así, este virus se convierte no solo en un patógeno, sino en un testigo indirecto de nuestra historia evolutiva y geográfica.
Además, el análisis de genes clave del virus como E6 y E7 —responsables de su potencial oncogénico— mostró algunas variantes con cambios en aminoácidos, aunque muchas de ellas podrían deberse al daño típico del ADN antiguo. No obstante, no se encontraron mutaciones que indicaran ni una mayor ni una menor agresividad respecto al virus actual. Esto sugiere que el potencial cancerígeno del VPH16 ya estaba presente hace decenas de miles de años, mucho antes de que la medicina pudiera detectarlo.
Este trabajo no solo aporta un dato curioso sobre dos individuos antiguos. También abre nuevas vías para estudiar la historia de las enfermedades infecciosas. El hecho de que se hayan identificado fragmentos virales en datos genómicos que no fueron secuenciados con ese objetivo demuestra que es posible reconstruir la historia de virus antiguos a partir de archivos genéticos ya disponibles.
Los autores destacan que los fragmentos recuperados mostraban el patrón característico de daño en el ADN antiguo, con sustituciones específicas en los extremos de las cadenas. Esto refuerza la autenticidad de los hallazgos y descarta que se trate de contaminación moderna. Es más: a pesar de que uno de los conjuntos de datos (de Ötzi) tenía señales de contaminación exógena, los fragmentos virales no mostraban esas señales, lo que sugiere que los virus estaban presentes en el cuerpo del individuo en vida.
Por todo esto, el estudio invita a replantear la cronología y el origen de virus que hoy siguen afectándonos. Y también recuerda algo fundamental: la evolución de las enfermedades está profundamente entrelazada con la nuestra. En palabras del propio artículo, “nuestros resultados indican que el VPH16 ya estaba presente en Homo sapiens durante el Paleolítico Superior, lo que sugiere una asociación prolongada entre hospedador y virus”.
Yazigi JB, Cyrino CO, Peter CM, Ferreira RC, Maricato JT, Janini LM, Briones MRS. Oncogenic HPV types identified in Paleolithic and Chalcolithic human genome sequencing data from Ust’-Ishim and Ötzi. bioRxiv. Publicado el 16 de diciembre de 2025. doi: 10.64898/2025.12.14.694221
